Đầu thế kỷ XIX, dưới thời vua Gia Long, địa bàn thị trấn Rừng Thông hiện nay thuộc tổng Lê Nguyễn, huyện Đông Sơn, phủ Thiệu Hóa. Năm 1928, huyện Đông Sơn được đổi thành phủ, bao gồm 7 tổng, địa bàn thị trấn Rừng Thông thuộc hai tổng Kim Khê và Tuyên Hóa.

Năm 1946, các tổng cũ của phủ Đông Sơn được chia thành 22 xã, trong đó có xã Tuyên Hóa và xã Đại Đồng. Đến năm 1948, xã Tuyên Hóa đổi tên thành xã Đông Anh, xã Đại Đồng sáp nhập với xã Cổ Bôn thành xã Đông Tiến.

Năm 1953, xã Đông Anh chia thành ba xã Đông Anh, Đông Xuân và Đông Thịnh; xã Đông Tiến chia thành hai xã Đông Tiến và Đông Thanh. Phần lớn địa bàn thị trấn Rừng Thông lúc này thuộc hai xã Đông Xuân và Đông Tiến.

Năm 1966, xóm Nghĩa (còn gọi là xóm Phúc Long) thuộc xã Đông Anh được chuyển về xã Đông Tiến (nay thuộc khu phố Hàm Hạ).[5]

Năm 1977, các xã hữu ngạn sông Chu thuộc huyện Thiệu Hóa sáp nhập với huyện Đông Sơn thành huyện Đông Thiệu, hai xã Đông Xuân và Đông Tiến thuộc huyện Đông Thiệu[6]. Tuy nhiên vào năm 1982, huyện Đông Thiệu lại đổi tên thành huyện Đông Sơn, các xã Đông Xuân và Đông Tiến trở lại thuộc huyện Đông Sơn[7]. Huyện lỵ huyện Đông Sơn đặt tại xã Đông Xuân.

Ngày 28 tháng 1 năm 1992, Ban Tổ chức Chính phủ ban hành Quyết định số 49-TCCP. Theo đó, thành lập thị trấn Rừng Thông, thị trấn huyện lỵ Đông Sơn trên cơ sở một phần diện tích và dân số của các xã Đông Lĩnh, Đông Tân, Đông Tiến và Đông Xuân.[1]

Ngày 15 tháng 5 năm 2015, Ủy ban Thường vụ Quốc hội ban hành Nghị quyết số 935/NQ-UBTVQH13[8][9]. Theo đó, sáp nhập toàn bộ 190,67 ha diện tích tự nhiên và 2.808 người của xã Đông Xuân, điều chỉnh 291,37 ha diện tích tự nhiên và 4.585 người của xã Đông Tiến (gồm toàn bộ 93,07 ha, 1.970 người của thôn Toàn Tân; 181,04 ha, 2.615 người của thôn Đại Đồng, 17,26 ha của thôn Triệu Xá 1), 31,05 ha diện tích tự nhiên và 50 người của xã Đông Anh (24,84 ha, 15 người của thôn 6 và 6,21 ha, 35 người của thôn 7) vào thị trấn Rừng Thông.

Sau khi điều chỉnh địa giới hành chính, thị trấn Rừng Thông có 603,16 ha diện tích tự nhiên và 10.878 người, gồm 12 khu phố: 1, 2, 3, 4, 5, 6, Cáo Thôn, Đại Đồng, Nhuệ Sâm, Phúc Hậu, Toàn Tân, Xuân Lưu.[2]

Ngày 17 tháng 8 năm 2018, Ủy ban nhân dân tỉnh Thanh Hóa ban hành Quyết định số 3110/QĐ-UBND[10]. Theo đó:

• Sáp nhập khu phố 1, khu phố 2 và một phần khu phố Cáo Thôn thành khu phố Thống Nhất
• Sáp nhập khu phố 3 và một phần khu phố 4 thành khu phố Cao Sơn
• Sáp nhập khu phố 5 và phần còn lại của khu phố 4 thành khu phố Phượng Lĩnh
• Sáp nhập một phần khu phố Phúc Hậu và một phần khu phố Nhuệ Sâm vào khu phố Xuân Lưu
• Sáp nhập phần còn lại của hai khu phố Phúc Hậu và Cáo Thôn thành khu phố Đông Xuân
• Đổi tên khu phố Đại Đồng thành khu phố Hàm Hạ
• Đổi tên khu phố 6 thành khu phố Nam Sơn.

Thị trấn Rừng Thông có 9 khu phố như hiện nay.